朱由崧相关争议
失德
根据明末清初笔记记载，弘光帝是十分昏庸腐朽的，只知吃喝玩乐，整日沉湎于酒色之中，不理朝政，1645年（弘光元年，顺治二年）除夕，当清军南下之际，他却在群臣面前感叹“后宫寥落，旦新春南都无新声”，下令广选美女。由于纵欲无度，还命人替他捉蛤蟆配制春药，南京的百姓叫他“蛤蟆天子”。 在其即位之前，史可法曾写信给马士英说明“福王七不可立”──贪、淫、酗酒、不孝、虐下、无知和专横。由史可法、张慎言、高弘图等17人签名送与马士英。
弘光帝身边全是些只会阿谀奉承的奸臣和宦官，如马士英、阮大铖等。他对清军的进攻根本不过问，尽管有史可法这些忠臣，但明朝复兴之势难见。
朱由崧向来以“失德”著称，后人称其为腐朽王朝的最昏庸的帝王，唯知享乐，不问政事，沉湎酒色，荒淫透顶。世人评论说，正是他的不思进取，打碎了南明王朝划江为治的希望。然而细检史籍，可知竟传闻难据，推其缘由，多由东林党人对福藩一系的成见所致。而其本来的经历显现的却是并非昏庸且颇有个性的政治家形象。如曾任弘光朝给事中李清《三垣笔记》、《南渡录》及《甲申日记》对荒淫纵欲之事，且加辩诬，指出弘光帝是颇有治国思想，气度恢宏，勤于政事，欲有作为的政治家。 此外朱由崧还为于明惠帝以及靖难之变中殉难的臣子予以平反，所以其政治得失尚有争议。
身份
林时对《南都三大疑案》：“洛阳既陷，福王常洵被闯贼所临，宫眷逃窜。世子由崧得一护卫军牵率过河，寓太康伯张皇亲第，人无识者。甲申四月，巡按中州御史陈潜夫送至凤督马士英处，遂同四镇拥立为弘光帝。登极后，太后亦自河北至。帝不出迎，群臣奉凤舆至内殿下舆，帝掖后至殿隅，密语移时，群臣拱立以俟，秘弗闻。半晌始下拜恸哭，人皆疑揣。乔大理圣任先生在班行目击者，曾面语余。或云：帝实非真世子，福藩有一审理貌类，因冒认。语时戒勿洩，同享富贵。又云：入宫后，与帝同卧起。事真伪不可知，帝来时既不迎，逾顷始拜哭。而出奔时又不同行，自往芜湖就靖国；太后偕马士英至浙，则事属可骇。一疑案也。”
金堡：“予闻弘光伪福邸也。福邸已被难，其妃有弟与一内侍偕走，诈称福邸。既登极，内侍惧福不敢言。童妃至，伪福邸恐事露，遂致之死。马士英特欲立福邸翻东林之局，遂使东南半壁拱手以奉之清耳。”
杨凤苞：“及谓福王亦伪，乃出东林、复社爱憎之口”，“盖阮大铖欲尽杀东林、复社诸君子，向后诸君子追憾其事，并恨王之任大铖也。造言汗蔑之不已，复奋断曰：‘是非明之宗室也。’甚疾之之词尔。”
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