同治死因争议
对于载淳的死，尽管清代宫廷史料，特别是档案内均有较明确的记载，但由于上述的种种原因，在一些私人著述和笔记中，还是提出了各种不同的说法，并加了一些演义性的描绘，有的说他死于天花，有的说他死于梅毒， 也有的说他死于疥疮，众说纷纭，莫衷一是。
《桃花圣解庵日记》记载：……嘻戏游宴，耽溺男宠，日就裸瘠，旋患痈，项腹各一，皆浓溃，日未昏，殆不知人。（同治十三年十二月五日）
《慈德外记》记载：“私家著述，皆谓太后纵帝游荡，及至得疾，又不慎重爱护，以至深沈不起，……盖帝常履饮于外，至翌晨召见军机时犹未归也，或醉中言语失次，杂以南城猥贱之事，……一八七三年（即同治十二年）外间皆窃窃私议恐帝寿之不久。至次年十二月，帝得痘症，不能临朝，两宫皇太后代执国政，月底帝遂降谕日：‘朕于本月有天花之喜，……’”。
《四朝佚闻》记载：“穆宗之崩，传者不一，或云天花，或云内毒，而医药不能尽合……”
中国第一历史档案馆为澄清历史事实，在《清代
档案史料丛编》第七辑中编纂公布了《同治进药簿》。根据宫中所藏《万岁爷天花喜进药用药底簿》中御医对载淳临死前诊断记录（即脉案）及处方的研究，认为从这本进药薄的名称，以及从载淳患病到去世的脉案、用药处方，都可以证明载淳是因患天花没有治好而去世的。
官方档案中关于天花的诊断，几乎没有记录当时在北京的外国医学观察者的看法，根据外国医学团体的内部报告，载淳至少在四五年前就染上了梅毒，并且由于病情的发展而导致了他的死亡。几年之后，由于没有进行有效的治疗，梅毒已经发展到了第三阶段，到了这一阶段，纵有回春妙手，多半也束手无策、徒唤奈何。
其实。载淳的病情和死因，可以从清代皇帝“脉案档簿”中看得一清二楚，《万岁爷进药底簿》中同治十三年十月三十日未刻载淳得病至同年十二月初五日酉刻死去前后三十六天的脉案、病情和用药情况，它完全证明了载淳最后死于天花。这是详实可靠的。
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